Kedže je vylúčené aby rozum bol samotným celým svetom, jediné, čo robiť môže je vytvárať rozumný obraz, model sveta. Každý model musí logicky vychádzať z nejakých predpokladov o svete, ktorý modeluje. S týmito predpokladmi nemôže inak narábať, iba ich brať ako také, musí v ne veriť. Nazýva sa to rôzne: axiomatický systém, sústava apriorných predpokladov, alebo ak chceme zjavené pravdy.
Scientistickí ateisti napríklad vychádzajú z apriorného predpokladov, že svet je poznateľný a rozumne usporiadaný. Ak by si prečítali knihu Petra Vopěnku „Úhelný kámen evropské vzdělanosti a moci“, tak by sa dozvedeli, že tieto predpoklady do vedy zaviedla stredoveká scholastická teológia. Antická veda vcelku rozumne vychádzala z predpokladu, že svet je poznateľný iba po horizont. Čo je za horizontom, to nevieme nijakým spôsobom prirodzene uchopiť, o tom nie je veru rozumné čokoľvek tvrdiť. Preto napríklad Eukleides pri formulovaní svojej geometrie chápal platnosť jej zákonov pre uskutočniteľné objekty. Napríklad pre trojuholníky, ktoré sme schopní sami skonštruovať, nie pr nekonečne veľké trojuholníky. Scholastická teológia však vychádzala z predpokladu, že Boh stvoril svet pre ľudí, preto sa dá veriť, že ho pre ľudí nespravil nepoznateľný. Veda zdedila túto scholastickú vieru a veru iba veľmi nerada a neochotne sa jej začala (aj vďaka kvantovej fyzike) zriekať až v dvadsiatom storočí.
Vedci predpokladajú, že fyzikálne zákony platia pre celý Vesmír rovnako. Nemajú to však ako dokázať. Je to apriorný predpoklad, v ktorý treba veriť. Čo je zárukou toho, že to naozaj platí? Aký fyzikálny, či iný princíp? Tento predpoklad nie je nijako merateľný a poznateľný. Odkiaľ potom berú scientistickí veriaci ateisti tú drzosť hlupáka, keď sa posmievajú náboženstvám za to, že vychádzajú z iných apriorných systémov?
Ten istý svet je možné vysvetliť rôznym spôsobom na základe tých istých skúseností, či faktov, vychádzajúc z iných a prirori. Skúsme si uviesť príklad, ktorý je tak často predmetom vášnivých diskusií: Bol život stvorený podľa Biblie, alebo sa vyvinul evolúciou? Radím sa k tým, čo veria, že sa vyvinul evolúciou. Toto je apriorný predpoklad, ktorý sa nedá dokázať, ale pomocou neho sa dá všeličo elegantne vysvetliť. Viem si predstaviť, ako sa pri čítaní týchto riadkov varí krv veriaceho ateistu. Čo nie sú jasné dôkazy v podobe paleontologických nálezov prehistorických tvorov, o ktorých niet v Biblii ani zmienky? Čo niet dôkazov v genetickom kóde? Napokon známy nábožencobijca a rytier rádu Nového ateizmu Richard Dawkins vo svojej knihe „Slepý hodinár“ prináša celú plejádu presvedčivých vedeckých argumentov pre evolučný výklad života, netreba ich tu opakovať.
Problémom tejto argumentácie však je to, že všetky argumenty stoja na predpoklade, že na Zemi prebehla evolúcia, a to pomocou Darwinovho prírodného výberu. Ak sa v nejakom skúmaní faktov ukáže, že tomu tak nemuselo byť, vysloví sa ad hoc teória, prečo je tomu tak výnimka s darwizmu a celý myšlienkový konštrukt sa o túto novú konštrukciu obohatí. Systematicky sledujem výskum v tejto oblasti a veru do roka a objaví ikolo desiatky výskumov, ktoré na niektorých faktoch ukážu, že práve na týchto faktoch platí nejaká výnimka z darwinizmu. Naposledy práve teraz, keď píšem tieto riadky (Species coexistence and the dynamics of phenotypic evolution in adaptive radiation).
Napokon darwinizmus má tiež svoju históriu a v podobe ako ho definoval Darwin dnes dokázateľne nemôže fungovať. A čo vlastne platí dnes? Neodarwinizmus? Nie, ten iba ak v podobe Dawkinsovej teórie sebeckého génu. Tá však zlyháva v mnohých pozorovaných javoch. Tak to bude snáď neodarwinizmus doplnený o teóriu prerušovaných rovnováh, či o Flégrovu teóriu zamrzlej plasticity? Skrátka vždy keď sa s darwinizmom vynorí problém, treba ho doplniť o dodatočné a priori. Inak povedané: ak sa objaví nejaký teoretický problém, je potrebné vytvoriť nový teoretický konštrukt, ktorý ho nejako skĺbi so spochybnenou teóriou, čím sa táto zachráni.
Toto však je v príkrom rozpore s uznávaným metodickým princípom vo vede, tzv. princípom falzifikavateľnosti. Tento definoval filozof vedy Karl Popper, ktorý sa pokúsil rozdeliť teórie na metafyzické a vedecké (fyzické). Princíp falzifikvatenosti teórie nám hovorí, že vedeckú teóriu má od metafyzickej odlišovať to, že musí byť formulovateľná tak, aby bola vyvrátiteľná. Známy príklad: u nás sú labute biele, v Rusku sú labute biele, v celej Európe sú labute biele, vedecká teória je, že všetky labute sú biele. Táto teória platila, kým nebola objavená Austrália, kde sú aj čierne labute. Objav čiernych labutí týmto pôvodnú teóriu falzifikoval.
Metafyzické teórie, akými sú aj náboženské teológie, vždy, keď sa objeví nejaký fakt, ktorý teóriu spochybní, doplnia o nejaký ďalší teoretický konštrukt. V kresťanstve sa hovorí o správnejšom výklade svätého textu. No a evolučná teória v tomto zmysle rozhodne patrí medzi teórie metafyzické, nie vedecké. Sám Popper oprávnene odmietal darwinizmus uznať za vedeckú teóriu. Ponechajme teraz stranou, či je princíp falzifikovateľnosti správny. Vo svete vedy sa uznáva, je to dnes jedno z a priori vedeckého výkladu sveta. Evolučná teória však je veľmi ťažko falzifikovateľná. Ona sama je svojím a priori.
Skúsme však výklad náboženský, založený na tvrdeniach Biblie o stvorení sveta Bohom a skúsme ju dať do súladu s faktami, ktorými nás obdaril vývoj vedy. O Bohu mnohí tvrdia, že stvoril svet. To je a priori. Potom sú tam nejaké predstavy ako to nastalo. Ďalším a prirori je, že Boh vyžaduje od človeka slepú vieru v neho. Prečo to vyžaduje? Pretože človeku dal možnosť v neho neveriť, teda tu máme a prirori slobodnej vôle. Podľa tejto viery zviera nemusí v Boha veriť, nemusí sa o svojom vzťahu k Bohu rozhodovať, zviera skrátka len plní Boží program. Keby Boh chcel, aby sme nemuseli veriť v Bibliu, tak by svet stvoril tak, aby nebolo o čom pochybovať. Aby človek mohol preukázať svoj vzťah viery v Boha, tak musí prekonávať pochybnosti. A tak mu to Boh umožňuje, stvoril aj pochybnosti. Na jednej strane necháva svedectvo o stvorení sveta, na strane druhej do toho sveta zakomponuje artefakty, ktoré umožňujú človeku pochybovať, a teda slobodne voliť. Napríklad vytvorí paleontologické artefakty, zostaví DNA organizmov tak, aby vytvárali dojem evolučnej náväznosti, atď. Vytvorí skrátka svet tak, aby sme v rozhodovaní mali slobodnú vôľu. Akou vedou, akou logikou, akým rozumom sa dá vyvrátiť takýto pohľad na svet, pohľad postavený na úplne iných základných východiskách ako je ten vedecký?
Vidíme, že na základe rôznych apriorných predpokladov môžeme vytvoriť rovnako konzistentný kreacionistický a evolucionistický výklad sveta.
Na mieste je ovšem často používaná námietka, že na rozdiel od náboženského, či iného metafyzického výkladu sveta, veda vie vysloviť určité predpoklady, ktoré sa skúsenosťou overia alebo vyvrátia. To je pravda, lenže tu narážame na ďalšie a priori, a to na predpoklad, že vedeckej metóde podliehajú všetky javy sveta. Tento predpoklad sa vedeckou metódou nedá vyvrátiť alebo potvrdiť, čoho dôsledkom je logický záver, vedeckou metódou sa dajú falzifikovať, či verifikovať len tie tvrdenia, ktoré sú overiteľné vedeckou metódou.
Skutočný ateizmus by mal vychádzať z toho, že rozum nie je možný bez viery. Na rozdiel od náboženskej viery, v ktorej sú základné a priori nespochybniteľné, ateista by mal podľa mojej mienky vedieť, že na svet sa dá pozerať z rôznych apriorných systémov. Mal by teda neustále o tých svojich a priori pochybovať a skúmať, či nie je možný iný výklad sveta, alebo či nie sú niektoré jeho a priori odvoditeľné z nejakých ešte primárnejších. Ateista by teda mal byť v prvom rade neveriaci a až potom ateista.